前言
之间进行了使用Gromacs
进行的水中溶菌酶的分子动力学模拟,需要生成一个轨迹动画,但开源Pymol
实在是bug多多,这个安装过程可能需要另做一篇笔记,以下是生成轨迹动画的笔记。
步骤
蛋白质中心化
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
中心选择蛋白质,输出选择系统:
产生新文件: 消除蛋白质内部的转动抽帧
这里我选择抽100帧:
gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_center.xtc -o complex.pdb -dt 1
使用Pymol
打开complex.pdb
文件:
动画优化
instra_fit complex
smooth
导出动画: 选择gif
图:
结果
最终生成了几个不错的轨迹动画:
参考
[1] gromacs轨迹动画_哔哩哔哩_bilibili
[2] PyMOL中文教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)