前言 之间进行了使用Gromacs进行的水中溶菌酶的分子动力学模拟，需要生成一个轨迹动画，但开源Pymol实在是bug多多，这个安装过程可能需要另做一篇笔记，以下是生成轨迹动画的笔记。 步骤 蛋白质中心化 gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_center.xtc -center -pbc mo…

前言 看了几篇文献后，先对MD模拟进行了个简单的实操，对水中溶菌酶进行分子动力学模拟，pdb文件已经通过Pymol进行了处理，删除了水分子，对这个实操做了笔记。 操作过程 产生拓扑文件 使用pdb2gmx模块产生拓扑文件。 在WSL中打开windows系统中的文件系统： cd /mnt 输入命令： gmx pdb2gmx -f 1aki_clean…

前前言 最近我导布置了任务，实操MD模拟，先从最简单的开始，在这篇模拟教程中，需要用到Pymol软件，搜遍全网，没有找到合适的安装教程，所以写下了这篇安装记录。 前言 之前写的安装过程是错的，生成了一个怪异的Pymol，分成两个窗口，当时就感觉不对劲，果然在最后需要生成轨迹动画的时候出问题了。 不得已回来重新研究，做了如下笔记。 安装过程 1.创建…